Salt bridge 專欄

1. Thermostability of Salt Bridges versus Hydrophobic Interactions in Proteins Probed by Statistical Potentials
fork-fork / fork-stick salt bridge

These two minima correspond to two geometries: the fork-fork geometry, where the side chains point toward each other, and the fork-stick geometry, which involves the N(epsilon) side chain atom of Arg. These two types of salt bridges were determined to be significantly more stabilizing at high temperature.

2. Configurational entropy elucidates the role of salt-bridge networks in protein thermostability

Detailed knowledge of how networks of surface salt bridges contribute to protein thermal stability is essential not only to understand protein structure and function but also to design thermostable proteins for industrial applications.

Disulfide bond 筆記

Disulfide bond 和蛋白質熱穩定的 paper 真的是很多
但找不到一篇全面性的介紹兩者這之間的關係

2007 JMB Discovery of a thermophilic protein complex stabilized by topologically interlinked chains - 這篇作者結晶出 2IBP.pdb ，證明跨 chain 的 DS 可以穩定結構，增加熱穩定性(CD)。

0. Google 關鍵字 Disulfide bond thermostability
1.有趣的 flash 介紹
2. Wikipedia 介紹
3. 利用決策樹以蛋白質序列及結構預測熱穩定性

Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res

還高興一下 Bioperl tool 會換算 DSSP RSA 值

$surAra = $dssp_obj->totSurfArea(); ＃ total surface area

$solv_acc = $dssp_obj->resSolvAcc( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

$solv_acc = $dssp_obj->resSurfArea( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

run 出來是同一值 搞不清這兩者差異性
查原說明檔 寫得一模一樣 bug?

好像還是沒辦法換算成 RSA 值
它只是單純丟出 DSSP ACC 那欄位的值而已
還是用自己的 code 吧!


PS. http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.2.3/Bio/Structure/SecStr/DSSP/Res.pm

Bioperl Notes

在Windows下安裝Bioperl
一般用 ActivePerl 安裝，是一種PPM(Perl Package Manager)，
重點是在模組的載入方法!!
直接在命令列模式輸入PPM執行，會出現一個Perl Package Manager視窗
點選「Edit」>「Preferences」>「Repositories」 輸入新名稱
Location輸入框裡輸入一個連結

例如:
The University of Winnipeg's 5.8 PPM repository
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/package.lst
A repository of Bioperl packages
http://bioperl.org/DIST
Roth Consulting's package repository
http://www.roth.net/perl/packages/
the "Bribes de Perl" (Scraps of Perl) repository (en Français et Anglais)
http://www.bribes.org/perl/ppm/

點選「Add」即可


在 Mac下安裝Bioperl
1.用 port
2.在 CPAN 載回
>> sudo perl Makefile.PL
>>./Build test
>>./Build install

其他參考
1.http://wenching520.pixnet.net/blog/post/16682805
2.http://liucheng.name/765/
3.推薦例子: Bioperl:使用和解析 BLAST http://liucheng.name/400/

筆記 My Note about - Pfam Dataset

Protein Families Database
屬性；Protein Classifications and Motifs Database 蛋白質分類與模組資料庫

是由 Sanger 所維護，一個搜集了的大量多序列比對及常見蛋白質domain 和 family 的資料庫。
在應用上我們常常使用這個資料庫來比對一個蛋白質相關的功能，並可使用Pfam 來找尋相似功能的區域，此外此資料庫也會展示蛋白質結構的視覺化圖形給使用者。

其原理是藉由 HMM Profile （Hidden Markov Models）處理蛋白質多序列比對，
以做為蛋白質家族分類之標準。Pfam 最主要的功能分別為二級結構預測、折疊區域
辨識、演化分析及突變設計等，其比對存在兩種方式，分別為
1. Seed Alignment：針對蛋白質家族特定區域進行比對;
2. Full Alignment：使用HMM Profile 進行廣泛性全序列比對。

進入 ftp

註: HMM 為一廣泛使用之序列相似型比對與衡量模型，其做法是先經由多序列比對方式進行，
先將多序列分成 Main State 及 Insert State 兩種，再將比對結果轉換為機率示意圖，
最後再分別計算各種胺基酸序列出現的機率。

註: 陽明一份講義不錯 去下載

同類型: BLOCK, Smart, Procite, interpro等模組分析資料庫與GO蛋白質分類資料庫

2010 新的開始

這兩三個月來
心情 down 到谷底

雖說是新的一年開始
願我有新的勇氣走下去
keep walking ............

今年第四隻手機

去了一趟山上
回來後發現手機又掉了
慘!!!!!

手機內的通訊錄又沒有備份
所有的電話資訊全都沒了
哀!!!!!!!