2010年10月17日 星期日

Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res

還高興一下 Bioperl tool 會換算 DSSP RSA 值

$surAra = $dssp_obj->totSurfArea(); # total surface area

$solv_acc = $dssp_obj->resSolvAcc( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

$solv_acc = $dssp_obj->resSurfArea( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

run 出來是同一值 搞不清這兩者差異性
查原說明檔 寫得一模一樣 bug?

好像還是沒辦法換算成 RSA 值
它只是單純丟出 DSSP ACC 那欄位的值而已
還是用自己的 code 吧!


PS. http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.2.3/Bio/Structure/SecStr/DSSP/Res.pm

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