Disulfide bond 和蛋白質熱穩定的 paper 真的是很多
但找不到一篇全面性的介紹兩者這之間的關係
2007 JMB Discovery of a thermophilic protein complex stabilized by topologically interlinked chains - 這篇作者結晶出 2IBP.pdb ，證明跨 chain 的 DS 可以穩定結構，增加熱穩定性(CD)。
0. Google 關鍵字 Disulfide bond thermostability
1.有趣的 flash 介紹
2. Wikipedia 介紹
3. 利用決策樹以蛋白質序列及結構預測熱穩定性
2010年10月17日 星期日
Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res
還高興一下 Bioperl tool 會換算 DSSP RSA 值
$surAra = $dssp_obj->totSurfArea(); ＃ total surface area
$solv_acc = $dssp_obj->resSolvAcc( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms
$solv_acc = $dssp_obj->resSurfArea( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms
run 出來是同一值 搞不清這兩者差異性
查原說明檔 寫得一模一樣 bug?
好像還是沒辦法換算成 RSA 值
它只是單純丟出 DSSP ACC 那欄位的值而已
還是用自己的 code 吧!
PS. http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.2.3/Bio/Structure/SecStr/DSSP/Res.pm
$surAra = $dssp_obj->totSurfArea(); ＃ total surface area
$solv_acc = $dssp_obj->resSolvAcc( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms
$solv_acc = $dssp_obj->resSurfArea( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms
run 出來是同一值 搞不清這兩者差異性
查原說明檔 寫得一模一樣 bug?
好像還是沒辦法換算成 RSA 值
它只是單純丟出 DSSP ACC 那欄位的值而已
還是用自己的 code 吧!
PS. http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.2.3/Bio/Structure/SecStr/DSSP/Res.pm
Bioperl Notes
在Windows下安裝Bioperl
一般用 ActivePerl 安裝，是一種PPM(Perl Package Manager)，
重點是在模組的載入方法!!
直接在命令列模式輸入PPM執行，會出現一個Perl Package Manager視窗
點選「Edit」>「Preferences」>「Repositories」 輸入新名稱
Location輸入框裡輸入一個連結
例如:
The University of Winnipeg's 5.8 PPM repository
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/package.lst
A repository of Bioperl packages
http://bioperl.org/DIST
Roth Consulting's package repository
http://www.roth.net/perl/packages/
the "Bribes de Perl" (Scraps of Perl) repository (en Français et Anglais)
http://www.bribes.org/perl/ppm/
點選「Add」即可
在 Mac下安裝Bioperl
1.用 port
2.在 CPAN 載回
>> sudo perl Makefile.PL
>>./Build test
>>./Build install
其他參考
1.http://wenching520.pixnet.net/blog/post/16682805
2.http://liucheng.name/765/
3.推薦例子: Bioperl:使用和解析 BLAST http://liucheng.name/400/
一般用 ActivePerl 安裝，是一種PPM(Perl Package Manager)，
重點是在模組的載入方法!!
直接在命令列模式輸入PPM執行，會出現一個Perl Package Manager視窗
點選「Edit」>「Preferences」>「Repositories」 輸入新名稱
Location輸入框裡輸入一個連結
例如:
The University of Winnipeg's 5.8 PPM repository
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/package.lst
A repository of Bioperl packages
http://bioperl.org/DIST
Roth Consulting's package repository
http://www.roth.net/perl/packages/
the "Bribes de Perl" (Scraps of Perl) repository (en Français et Anglais)
http://www.bribes.org/perl/ppm/
點選「Add」即可
在 Mac下安裝Bioperl
1.用 port
2.在 CPAN 載回
>> sudo perl Makefile.PL
>>./Build test
>>./Build install
其他參考
1.http://wenching520.pixnet.net/blog/post/16682805
2.http://liucheng.name/765/
3.推薦例子: Bioperl:使用和解析 BLAST http://liucheng.name/400/
2010年10月12日 星期二
筆記 My Note about - Pfam Dataset
Protein Families Database
屬性；Protein Classifications and Motifs Database 蛋白質分類與模組資料庫
是由 Sanger 所維護，一個搜集了的大量多序列比對及常見蛋白質domain 和 family 的資料庫。
在應用上我們常常使用這個資料庫來比對一個蛋白質相關的功能，並可使用Pfam 來找尋相似功能的區域，此外此資料庫也會展示蛋白質結構的視覺化圖形給使用者。
其原理是藉由 HMM Profile （Hidden Markov Models）處理蛋白質多序列比對，
以做為蛋白質家族分類之標準。Pfam 最主要的功能分別為二級結構預測、折疊區域
辨識、演化分析及突變設計等，其比對存在兩種方式，分別為
1. Seed Alignment：針對蛋白質家族特定區域進行比對;
2. Full Alignment：使用HMM Profile 進行廣泛性全序列比對。
進入 ftp
註: HMM 為一廣泛使用之序列相似型比對與衡量模型，其做法是先經由多序列比對方式進行，
先將多序列分成 Main State 及 Insert State 兩種，再將比對結果轉換為機率示意圖，
最後再分別計算各種胺基酸序列出現的機率。
註: 陽明一份講義不錯 去下載
同類型: BLOCK, Smart, Procite, interpro等模組分析資料庫與GO蛋白質分類資料庫
屬性；Protein Classifications and Motifs Database 蛋白質分類與模組資料庫
是由 Sanger 所維護，一個搜集了的大量多序列比對及常見蛋白質domain 和 family 的資料庫。
在應用上我們常常使用這個資料庫來比對一個蛋白質相關的功能，並可使用Pfam 來找尋相似功能的區域，此外此資料庫也會展示蛋白質結構的視覺化圖形給使用者。
其原理是藉由 HMM Profile （Hidden Markov Models）處理蛋白質多序列比對，
以做為蛋白質家族分類之標準。Pfam 最主要的功能分別為二級結構預測、折疊區域
辨識、演化分析及突變設計等，其比對存在兩種方式，分別為
1. Seed Alignment：針對蛋白質家族特定區域進行比對;
2. Full Alignment：使用HMM Profile 進行廣泛性全序列比對。
進入 ftp
註: HMM 為一廣泛使用之序列相似型比對與衡量模型，其做法是先經由多序列比對方式進行，
先將多序列分成 Main State 及 Insert State 兩種，再將比對結果轉換為機率示意圖，
最後再分別計算各種胺基酸序列出現的機率。
註: 陽明一份講義不錯 去下載
同類型: BLOCK, Smart, Procite, interpro等模組分析資料庫與GO蛋白質分類資料庫
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