Shadow Wolf: 10月 2010

2010年10月30日星期六

密碼設太多?

現代人總要設一大堆的密碼
唉!! 怎會都記得勒

Mac Keychain -> link

翻譯成鑰匙圈（蘋果操作系統）

好用

2010年10月29日星期五

step_01. port install Tk --> error !! not for root ~~;

step_02. sudo port install Tk --> look fine, but run perl code, " can t locate tk pm in @inc";

step_03. sudo port install p5-tk --> install this one; look fine => success !!

Next time, use " sudo port -d install p5-tk";

-d enabled debugging lines to show on the screen, which can give you hints on how to solve problems

2010年10月28日星期四

Cluster Note: code source link

All download to the folder of k-mean

0. Wiki link

1. Practical Data Mining with Perl -- Link

2. k-Means Clustering demo program with Tk --> link

3.CPAN Algorithm::KMeans --> Link

4. Matlab cluster source code --> link1 link2

5. C code --> link

6. Basic --> Link

2010年10月19日星期二

又多了一首心境相符的歌曲

除了之前的 Sorry 又多了一首心境相符的歌曲

賢知之歌

日が暮れて　どこからか
（太陽下山　不知從何方）
カレーの匂いがしてる
（傳來了咖哩的香味）

どれだけ歩いたら　家にたどりつけるかな
（不知道還要走多久　才能回到家啊）

僕のお気に入りの　肉屋のコロッケは
（我最喜歡的肉品店的炸可樂餅）
いつもどおりの味で　待っててくれるかな
（是不是還是用老味道　在等著我啊）

地球の上に夜が来る
（夜晚降臨地球）
僕は今　家路を急いでる
（而我正在趕回家的路上）

来年のことを言うと　鬼が笑うっていうなら
（說到明年的事　如果魔鬼想要笑的話）
笑いたいだけ　笑わせとけばいい
（那就讓他　盡情的笑吧）

僕は言い続けるよ　5年先10年先のことを
（我會一直說下去　不管是五年還是十年）
50年後もこうして　キミといるだろうと
（五十年後也是這樣　跟你在一起）

地球の上に夜が来る
（夜晚降臨地球）
僕は今　家路を急いでる
（而我正在趕回家的路上）

雨が降っても　嵐が来ても
（不管是下雨　不管是風暴）
やりが降ろうとも　みんな家に帰ろう
（不管是槍林彈雨也一樣　我不會讓他阻撓）

邪魔させない　誰にも止める権利はない
（大家回家　不論是誰都沒有這個權力）

地球の上に夜が来る
（夜晚降臨地球）
僕は今　家路を急いでる
（而我正在趕回家的路上）

世界中に夜が来る
（全世界都是黑夜）
世界中が家路を急ぐ
（全世界的人　都在回家的路上）

こんな毎日が　キミのまわりで
（這樣的每一天　都在你的身邊）
ずっと　ずっと　続きますように
（希望這種日子可以　一直持續下去）

2010年10月18日星期一

Perl "Hash of hash" 真是亂中加亂

我真是老了一兩個禮拜沒用又還給駱駝老兄了
只好寫在這裡以免忘記又再找

Book : Programing Perl (Link here)

9.4. Hashes of Hashes

建立方法: 雙迴圈 use the following two loops:

while ( <> ) {
next unless s/^(.*?):\s*//;
$who = $1;
for $field ( split ) {
($key, $value) = split /=/, $field;
$HoH{$who}{$key} = $value;
}
}

while ( <> ) {
next unless s/^(.*?):\s*//;
$who = $1;
$rec = {};
$HoH{$who} = $rec;
for $field ( split ) {
($key, $value) = split /=/, $field;
$rec->{$key} = $value;
}
}

PDB 相關網站

1.RCSB__
2.PDBj__
3.PDBe__
4.PDBselect__
5.PDB-REPRDB__
6.PISCES__

Nature 也來參一腳 ?

PSI Structural Biology Knowledgebase__

Mac port 同感！

寫得真好 - 隨便忘，隨便記。記了就忘，忘了再記。但事實是我都懶得記…
http://blog.jeffean.net/2010/08/macport.html

我發現我也是
也記一下囉
MacPorts官方網站：http://www.macports.org/

port -d selfupdate # 升級 macport
port upgrade outdated # 升級所有軟體
port list # 列出所有軟體

port install xxx # 安裝 xxx 軟體
port installed # 列出已經安裝軟體清單

port search xxx # 尋找與 xxx 條件相符的軟體
port info xxx # 列出與 xxx 相關的資訊與需求軟體

安裝時記得用管理員權限
macport 預設安裝路徑在 /opt/local/ 下面

記得把 /opt/local/bin or /opt/local/sbin 加到PATH
指令如下: export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH
這是暫時性
如果有需要就把它加入 ~/.profile 這個檔案裡
1. vim ~/.profile
2. 開啟的文件檔裡加上 export PATH 那行之後
3. 存檔
4. 重開 terminal

for example:

mac port install gromacs 4.5.3

path : /opt/local/lib/gromacs/bin

設定Mac OS X 10.5.x的PATH環境變數

1.打開終端機

2.執行 sudo vi /etc/paths

需輸入你的密碼

3.將要加入的路徑存入/etc/paths後存檔 --

設定的目錄必須用符號“：”來加以區隔開來。

4.Logout 再 Login , PATH就生效了.

練習 >> echo $PATH # 列出 PATH 的環境變數

2010年10月17日星期日

Salt bridge 專欄

1. Thermostability of Salt Bridges versus Hydrophobic Interactions in Proteins Probed by Statistical Potentials
fork-fork / fork-stick salt bridge

These two minima correspond to two geometries: the fork-fork geometry, where the side chains point toward each other, and the fork-stick geometry, which involves the N(epsilon) side chain atom of Arg. These two types of salt bridges were determined to be significantly more stabilizing at high temperature.

2. Configurational entropy elucidates the role of salt-bridge networks in protein thermostability

Detailed knowledge of how networks of surface salt bridges contribute to protein thermal stability is essential not only to understand protein structure and function but also to design thermostable proteins for industrial applications.

Disulfide bond 筆記

Disulfide bond 和蛋白質熱穩定的 paper 真的是很多
但找不到一篇全面性的介紹兩者這之間的關係

2007 JMB Discovery of a thermophilic protein complex stabilized by topologically interlinked chains - 這篇作者結晶出 2IBP.pdb ，證明跨 chain 的 DS 可以穩定結構，增加熱穩定性(CD)。

0. Google 關鍵字 Disulfide bond thermostability
1.有趣的 flash 介紹
2. Wikipedia 介紹
3. 利用決策樹以蛋白質序列及結構預測熱穩定性

Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res

還高興一下 Bioperl tool 會換算 DSSP RSA 值

$surAra = $dssp_obj->totSurfArea(); ＃ total surface area

$solv_acc = $dssp_obj->resSolvAcc( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

$solv_acc = $dssp_obj->resSurfArea( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

run 出來是同一值搞不清這兩者差異性
查原說明檔寫得一模一樣 bug?

好像還是沒辦法換算成 RSA 值
它只是單純丟出 DSSP ACC 那欄位的值而已
還是用自己的 code 吧!

PS. http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.2.3/Bio/Structure/SecStr/DSSP/Res.pm

Bioperl Notes

在Windows下安裝Bioperl
一般用 ActivePerl 安裝，是一種PPM(Perl Package Manager)，
重點是在模組的載入方法!!
直接在命令列模式輸入PPM執行，會出現一個Perl Package Manager視窗
點選「Edit」>「Preferences」>「Repositories」輸入新名稱
Location輸入框裡輸入一個連結

例如:
The University of Winnipeg's 5.8 PPM repository
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/package.lst
A repository of Bioperl packages
http://bioperl.org/DIST
Roth Consulting's package repository
http://www.roth.net/perl/packages/
the "Bribes de Perl" (Scraps of Perl) repository (en Français et Anglais)
http://www.bribes.org/perl/ppm/

點選「Add」即可

在 Mac下安裝Bioperl
1.用 port
2.在 CPAN 載回
>> sudo perl Makefile.PL
>>./Build test
>>./Build install

其他參考
1.http://wenching520.pixnet.net/blog/post/16682805
2.http://liucheng.name/765/
3.推薦例子: Bioperl:使用和解析 BLAST http://liucheng.name/400/

2010年10月12日星期二

筆記 My Note about - Pfam Dataset

Protein Families Database
屬性；Protein Classifications and Motifs Database 蛋白質分類與模組資料庫

是由 Sanger 所維護，一個搜集了的大量多序列比對及常見蛋白質domain 和 family 的資料庫。
在應用上我們常常使用這個資料庫來比對一個蛋白質相關的功能，並可使用Pfam 來找尋相似功能的區域，此外此資料庫也會展示蛋白質結構的視覺化圖形給使用者。

其原理是藉由 HMM Profile （Hidden Markov Models）處理蛋白質多序列比對，
以做為蛋白質家族分類之標準。Pfam 最主要的功能分別為二級結構預測、折疊區域
辨識、演化分析及突變設計等，其比對存在兩種方式，分別為
1. Seed Alignment：針對蛋白質家族特定區域進行比對;
2. Full Alignment：使用HMM Profile 進行廣泛性全序列比對。

進入 ftp

註: HMM 為一廣泛使用之序列相似型比對與衡量模型，其做法是先經由多序列比對方式進行，
先將多序列分成 Main State 及 Insert State 兩種，再將比對結果轉換為機率示意圖，
最後再分別計算各種胺基酸序列出現的機率。

註: 陽明一份講義不錯去下載

同類型: BLOCK, Smart, Procite, interpro等模組分析資料庫與GO蛋白質分類資料庫

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