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前世五百年的修行　才換來今生的擦肩而過

有個年輕美麗的女孩，出身豪門，家產豐厚，又多才多藝，
日子過得很好，媒婆也快把她家的門檻給踩爛了，但她一直不想結婚，
因為她覺得還沒見到她真正想要嫁的那個男孩。
直到有一天，她去一個廟會散心，於萬千擁擠的人群中，
看見了一個年輕的男人，
不用多說什麼，反正女孩覺得那個男人就是她苦苦等待的結果了。
可惜，廟會太擠了，她無法走到那個男人的身邊，
就這樣眼睜睜的看著那個男人消失在人群中。後來的兩年裡，
女孩四處去尋找那個男人，但這人就像蒸發了一樣，無影無蹤。
女孩每天都向佛祖祈禱，希望能再見到那個男人。
她的誠心打動了佛祖，佛祖顯靈了。

佛祖：妳想再看到那個男人嗎？
女孩：是的！我只想再看他一眼！
佛祖：妳要放棄妳現在的一切，包括愛妳的家人和幸福的生活。
女孩：我能放棄！
佛祖：妳還必須修煉五百年道行，才能見他一面。妳不後悔？
女孩：我不後悔！

於是女孩變成了一塊大石頭，躺在荒郊野外，四百多年的風吹日曬，
苦不堪言，但女孩都覺得沒什麼，難受的是這四百多年都沒看到一個人，
看不見一點點希望，這讓她都快崩潰了。最後一年，一個採石隊來了，
看中了她的巨大，把她鑿成一塊巨大的條石，運進了城裡，
他們正在建一座石橋，於是，女孩變成了石橋的護欄。
就在石橋建成的第一天，女孩就看見了，那個她等了五百年的男人！

他行色匆匆，像有什麼急事，很快地從石橋的正中走過了，
當然，他不會發覺有一塊石頭正目不轉睛地望著他。
男人又一次消失了。
再次出現的是佛祖。

佛祖：妳滿意了嗎？
女孩：不！為什麼？為什麼我只是橋的護欄？如果我被鋪在橋的正中，
我就能碰到他了，我就能摸他一下！
佛祖：妳想摸他一下？那妳還得修煉五百年！
女孩：我願意！
佛祖：吃了這麼多苦，不後悔？
女孩：不後悔！女孩變成了一棵大樹，立在一條人來人往的道路上，

這裡每天都有很多人經過， 女孩每天都在近處觀望，但這更難受，
因為無數次滿懷希望的看見一個人走來，又無數次希望破滅。
要不是有前五百年的修煉，女孩早就崩潰了..日子一天天的過去，
女孩的心逐漸平靜了，但她知道， 不到最後一天，他是不會出現的。
又是一個五百年！最後一天，女孩知道他會來了，但她的心中竟然不再激動。

來了！他來了！他還是穿著他最喜歡的白色長衫，臉還是那麼俊美，
女孩癡癡地望著他。這一次，他沒有急匆匆的走過，因為，天太熱了。
他注意到路邊有一棵大樹，那濃密的樹蔭很是誘人，休息一下吧，他這樣想。
他走到大樹腳下，靠著樹根，微微的閉上了雙眼，他睡著了。
女孩摸到他了！他就靠在她的身邊！但是，她無法告訴他，這千年的相思。
她只有盡力把樹蔭聚集起來，為他擋住毒辣的陽光。

千年的柔情啊！男人只是小睡了一刻，因為他還有事要辦，他站起身來，
拍拍長衫上的灰塵，在動身的前一刻，他回頭看了看這棵大樹，
又微微地撫摸了一下樹幹，大概是為了感謝大樹為他帶來清涼吧。
然後，他頭也不回地走了！就在他消失在視線的那一刻，佛祖又出現了。

佛祖：是不是還想做他的妻子？那妳還得修煉。
女孩平靜地打斷了佛祖的話：我是很想，但是不必了。
女孩：這樣已經很好了，愛他，並不一定要做他的妻子。
佛祖：哦！
女孩：他現在的妻子也像我這樣受過苦嗎？
佛祖微微地點點頭。
女孩微微一笑：我也能做到的，但是不必了。

就在這一刻，女孩發現佛祖微微地嘆了一口氣，
佛祖輕輕地鬆了口氣。女孩有幾分詫異：佛祖也有心事？

佛祖的臉上綻開了一個笑容：很好，有個男孩可以少等一千年了，
他為了能夠看妳一眼，已經修煉了兩千年．．．

生命總是平衡的，以一種我們瞭解或是不瞭解的方式。
＃問世間情為何物，乃是一物降一物～

其實沒有什麼是不能放手的

我們都曾經以為，有些事情是不可以放手的。
我們不會放棄一個人。我們不會離開一個人。
我們不會讓一個人離開我們。

我們不會讓那個不愛我們的人得到自由。我們不會忘記。
是的，我們咬牙切齒的說：我是不會放手的。

其實，沒有什麼東西是不能放手的。
時日漸遠，當你回望，你會發現，你曾經以為不可能放手的東西，只是生命中的一塊跳板。
所有的哀傷、痛楚，所有不能放棄的事情，不過是生命裡一個過度，
你跳過了，就可以變得更精采。

人在跳板上，最辛苦的不是跳下來那一刻，而是跳下來之前心裡的掙扎、猶豫、無助
和患得患失，根本無法向別人傾訴。

我們以為跳不過去了，閉上眼睛，鼓起勇氣，卻跳過了。
有什麼東西是不可以放手的呢？

你傾盡所以去愛他，你以為你絕對不會放手，當他要走，你又可以怎樣？
失戀、失意，甚至失婚，以至我們在愛情裡所受的苦，都不過是一塊跳板，令你成長。
我們以為愛的很深、很深，來日歲月會讓你知道，它不過很淺、很淺。
沒有伴侶的時候，即使是孤單，也可以很快樂。

這個時候，孤單是一種境界。
你可以一個人走遍世界，結識不同的朋友。
只是，許多年後，你忽然發現，你寧願孤單一個人。

假如只有你一個人，你用不著再向他交代你的行蹤，你無須再逼自己和他一起成長
或一起不成長，你不必再聽他嘮叨，你不用再遷就他，你不用再向他說甜言蜜語。
當你為他作了這一切，你竟然感到無比的孤單。

然而，你有太多理由不能離開他。
你不忍心讓他孤單，不如你自己孤單好了。
原來，所有的責任、承諾、道德、傳統、忍耐、都是孤單的源頭。

孤單不是與生俱來的，而是由你愛上一個人的那一刻開始。
所以把握最美好的時機，讓所有的孤單都變成一個美好的回憶。

好看又好聽

電影:天使之戀
歌曲:I'm the one

I'm the one who make me see the morning sun.
I'm the one who make me stand still on the ground

I can swim in the ocean
I can fly in the sky
I won't drown or fall anymore
Cos I'm not scared
Cos I'm not scared
no..

I'm the moon of the night shining through my eyes
I'm the beautiful rain when my heart is dry
And I know there's no one

I can trust anymore
I don't need love
Cos love disappears

Even when the cold winds would fill the sky
I won't shed my tears
Cos I forget how to cry

I can swin in the ocean
I can fly in the sky
Not afraid of drowning or falling
Cos I don't have anything to lose
no..

密碼設太多?

現代人總要設一大堆的密碼
唉!! 怎會都記得勒

Mac Keychain -> link

翻譯成 鑰匙圈（蘋果操作系統）

好用

port Tk problem ?

step_01. port install Tk --> error !! not for root ~~;

step_02. sudo port install Tk --> look fine, but run perl code, " can t locate tk pm in @inc";

step_03. sudo port install p5-tk --> install this one; look fine => success !!

Next time, use " sudo port -d install p5-tk";

-d enabled debugging lines to show on the screen, which can give you hints on how to solve problems

Cluster Note: code source link

All download to the folder of k-mean

0. Wiki link

1. Practical Data Mining with Perl -- Link

2. k-Means Clustering demo program with Tk --> link

3.CPAN Algorithm::KMeans --> Link

4. Matlab cluster source code --> link1link2

5. C code --> link

6. Basic --> Link

又多了一首心境相符的歌曲

除了之前的 Sorry 又多了一首心境相符的歌曲

賢知之歌

日が暮れて　どこからか
（太陽下山　不知從何方）
カレーの匂いがしてる
（傳來了咖哩的香味）

どれだけ歩いたら　家にたどりつけるかな
（不知道還要走多久　才能回到家啊）

僕のお気に入りの　肉屋のコロッケは
（我最喜歡的肉品店的炸可樂餅）
いつもどおりの味で　待っててくれるかな
（是不是還是用老味道　在等著我啊）

地球の上に夜が来る
（夜晚降臨地球）
僕は今　家路を急いでる
（而我正在趕回家的路上）

来年のことを言うと　鬼が笑うっていうなら
（說到明年的事　如果魔鬼想要笑的話）
笑いたいだけ　笑わせとけばいい
（那就讓他　盡情的笑吧）

僕は言い続けるよ　5年先10年先のことを
（我會一直說下去　不管是五年還是十年）
50年後もこうして　キミといるだろうと
（五十年後也是這樣　跟你在一起）

地球の上に夜が来る
（夜晚降臨地球）
僕は今　家路を急いでる
（而我正在趕回家的路上）

雨が降っても　嵐が来ても
（不管是下雨　不管是風暴）
やりが降ろうとも　みんな家に帰ろう
（不管是槍林彈雨也一樣　我不會讓他阻撓）

邪魔させない　誰にも止める権利はない
（大家回家　不論是誰都沒有這個權力）

地球の上に夜が来る
（夜晚降臨地球）
僕は今　家路を急いでる
（而我正在趕回家的路上）

世界中に夜が来る
（全世界都是黑夜）
世界中が家路を急ぐ
（全世界的人　都在回家的路上）

こんな毎日が　キミのまわりで
（這樣的每一天　都在你的身邊）
ずっと　ずっと　続きますように
（希望這種日子可以　一直持續下去）

Perl "Hash of hash" 真是亂中加亂

我真是老了 一兩個禮拜沒用 又還給駱駝老兄了
只好寫在這裡 以免忘記又再找

Book : Programing Perl (Link here)

9.4. Hashes of Hashes

建立方法: 雙迴圈 use the following two loops:



while ( <> ) {
next unless s/^(.*?):\s*//;
$who = $1;
for $field ( split ) {
($key, $value) = split /=/, $field;
$HoH{$who}{$key} = $value;
}
}

while ( <> ) {
next unless s/^(.*?):\s*//;
$who = $1;
$rec = {};
$HoH{$who} = $rec;
for $field ( split ) {
($key, $value) = split /=/, $field;
$rec->{$key} = $value;
}
}

PDB 相關網站

1.RCSB__
2.PDBj__
3.PDBe__
4.PDBselect__
5.PDB-REPRDB__
6.PISCES__


Nature 也來參一腳 ?

PSI Structural Biology Knowledgebase__

Mac port 同感！

寫得真好 - 隨便忘，隨便記。記了就忘，忘了再記。但事實是我都懶得記…
http://blog.jeffean.net/2010/08/macport.html

我發現我也是
也記一下囉
MacPorts官方網站：http://www.macports.org/


port -d selfupdate # 升級 macport
port upgrade outdated # 升級所有軟體
port list # 列出所有軟體

port install xxx # 安裝 xxx 軟體
port installed # 列出已經安裝軟體清單

port search xxx # 尋找與 xxx 條件相符的軟體
port info xxx # 列出與 xxx 相關的資訊與需求軟體

安裝時記得用管理員權限
macport 預設安裝路徑在 /opt/local/ 下面

記得把 /opt/local/bin or /opt/local/sbin 加到PATH
指令如下: export PATH=/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH
這是暫時性
如果有需要就把它加入 ~/.profile 這個檔案裡
1. vim ~/.profile
2. 開啟的文件檔裡加上 export PATH 那行之後
3. 存檔
4. 重開 terminal



for example:

mac port install gromacs 4.5.3

path : /opt/local/lib/gromacs/bin

設定Mac OS X 10.5.x的PATH環境變數

1.打開終端機

2.執行 sudo vi /etc/paths

需輸入你的密碼

3.將要加入的路徑存入/etc/paths後存檔 --

設定的目錄必須用符號“：”來加以區隔開來。

4.Logout 再 Login , PATH就生效了.


練習 >> echo $PATH # 列出 PATH 的環境變數

Salt bridge 專欄

1. Thermostability of Salt Bridges versus Hydrophobic Interactions in Proteins Probed by Statistical Potentials
fork-fork / fork-stick salt bridge

These two minima correspond to two geometries: the fork-fork geometry, where the side chains point toward each other, and the fork-stick geometry, which involves the N(epsilon) side chain atom of Arg. These two types of salt bridges were determined to be significantly more stabilizing at high temperature.

2. Configurational entropy elucidates the role of salt-bridge networks in protein thermostability

Detailed knowledge of how networks of surface salt bridges contribute to protein thermal stability is essential not only to understand protein structure and function but also to design thermostable proteins for industrial applications.

Disulfide bond 筆記

Disulfide bond 和蛋白質熱穩定的 paper 真的是很多
但找不到一篇全面性的介紹兩者這之間的關係

2007 JMB Discovery of a thermophilic protein complex stabilized by topologically interlinked chains - 這篇作者結晶出 2IBP.pdb ，證明跨 chain 的 DS 可以穩定結構，增加熱穩定性(CD)。

0. Google 關鍵字 Disulfide bond thermostability
1.有趣的 flash 介紹
2. Wikipedia 介紹
3. 利用決策樹以蛋白質序列及結構預測熱穩定性

Bio::Structure::SecStr::DSSP::Res

還高興一下 Bioperl tool 會換算 DSSP RSA 值

$surAra = $dssp_obj->totSurfArea(); ＃ total surface area

$solv_acc = $dssp_obj->resSolvAcc( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

$solv_acc = $dssp_obj->resSurfArea( RESIDUE_ID );
# returns solvent exposed area of this residue in square Angstroms

run 出來是同一值 搞不清這兩者差異性
查原說明檔 寫得一模一樣 bug?

好像還是沒辦法換算成 RSA 值
它只是單純丟出 DSSP ACC 那欄位的值而已
還是用自己的 code 吧!


PS. http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.2.3/Bio/Structure/SecStr/DSSP/Res.pm

Bioperl Notes

在Windows下安裝Bioperl
一般用 ActivePerl 安裝，是一種PPM(Perl Package Manager)，
重點是在模組的載入方法!!
直接在命令列模式輸入PPM執行，會出現一個Perl Package Manager視窗
點選「Edit」>「Preferences」>「Repositories」 輸入新名稱
Location輸入框裡輸入一個連結

例如:
The University of Winnipeg's 5.8 PPM repository
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms/package.lst
A repository of Bioperl packages
http://bioperl.org/DIST
Roth Consulting's package repository
http://www.roth.net/perl/packages/
the "Bribes de Perl" (Scraps of Perl) repository (en Français et Anglais)
http://www.bribes.org/perl/ppm/

點選「Add」即可


在 Mac下安裝Bioperl
1.用 port
2.在 CPAN 載回
>> sudo perl Makefile.PL
>>./Build test
>>./Build install

其他參考
1.http://wenching520.pixnet.net/blog/post/16682805
2.http://liucheng.name/765/
3.推薦例子: Bioperl:使用和解析 BLAST http://liucheng.name/400/

筆記 My Note about - Pfam Dataset

Protein Families Database
屬性；Protein Classifications and Motifs Database 蛋白質分類與模組資料庫

是由 Sanger 所維護，一個搜集了的大量多序列比對及常見蛋白質domain 和 family 的資料庫。
在應用上我們常常使用這個資料庫來比對一個蛋白質相關的功能，並可使用Pfam 來找尋相似功能的區域，此外此資料庫也會展示蛋白質結構的視覺化圖形給使用者。

其原理是藉由 HMM Profile （Hidden Markov Models）處理蛋白質多序列比對，
以做為蛋白質家族分類之標準。Pfam 最主要的功能分別為二級結構預測、折疊區域
辨識、演化分析及突變設計等，其比對存在兩種方式，分別為
1. Seed Alignment：針對蛋白質家族特定區域進行比對;
2. Full Alignment：使用HMM Profile 進行廣泛性全序列比對。

進入 ftp

註: HMM 為一廣泛使用之序列相似型比對與衡量模型，其做法是先經由多序列比對方式進行，
先將多序列分成 Main State 及 Insert State 兩種，再將比對結果轉換為機率示意圖，
最後再分別計算各種胺基酸序列出現的機率。

註: 陽明一份講義不錯 去下載

同類型: BLOCK, Smart, Procite, interpro等模組分析資料庫與GO蛋白質分類資料庫

2010 新的開始

這兩三個月來
心情 down 到谷底

雖說是新的一年開始
願我有新的勇氣走下去
keep walking ............