Align

Link  Structure

FAST is a program for aligning three-dimensional protein structures. mac download


Dali :  local run.   Link   


Link  Sequence

EMBOSS link

亦可由 port 來安裝


Needle:以Global Alignment進行序列的兩兩比對

		needle操作步驟：
			Go to ： needle
			輸入序列，有3種方法可供選擇：
			1.	由 file /database：鍵入database：accession number。
			2.	copy /paste：直接貼上序列。
			3.	擷取PC中的序列檔案：點選 "List of files"， 再將您電腦中適當的序列檔案輸入即可。
			以下列二條序列為例，選定由 file/database 輸入 輸入序列(1) embl:HSPDGA4 輸入序列(2) embl:HSA238420
			在 required section 設 gap opening penalty =10, gap extension penalty=0.5
			在 Advanced section 選擇scoring matrix (Blossum 62)
			在 out put section選擇輸出格式-- (default 為srspair)
			注意：needle程式一定要輸入兩條序列；並請記得在執行區右下角選擇batch (背景執行)
			按 Go 。
			檢視結果: 點選file, 選擇saved results, 選取本次分析結果，按display。 檢視結果後存檔：在結果畫面左上方點選file, 選擇save to local file, 輸入正確檔案名稱, 按「儲存」，例：存成hspdga4.needle。
			比對結果： 由於 "embl:HSPDGA4" 是 PDGF A chain exon4 的序列，而 "embl:HSA238420" 是 PDGF A chain gene exon1~4 的序列，在結果中很清楚的看到exon 4 對應在A chain 的第7758 至8005位置上。
		Water程式: 以local Alignment進行序列的兩兩比對
		water 操作步驟：
			Go to ：water
			輸入序列，有3種方法可供選擇：
			1.	由 file /database：鍵入database：accession number。
			2.	copy /paste：直接貼上序列。
			3.	擷取PC中的序列檔案：點選 "List of files"， 再將您電腦中適當的序列檔案輸入即可。
			以下列二條序列為例，選定由 file/database 輸入 輸入序列(1) embl:HSPDGA4 輸入序列(2) embl:HSA238420
			在 required section 設 gap opening penalty =10, gap extension penalty=0.5
			在 Advanced section 選擇scoring matrix (default=Blossum 62)
			在 out put section選擇輸出格式-- (default 為srspair)
			注意：請輸入兩條序列，並記得在執行區右下角選擇batch (背景執行)
			按 Go
			檢視結果: 點選file, 選擇saved results, 選取本次分析結果，按display。 檢視結果後存檔：在結果畫面左上方點選file, 選擇save to local file, 輸入正確檔案名稱, 按「儲存」。
			比對結果： 由於 "embl:HSPDGA4" 是 PDGF A chain exon4 的序列，而 "embl:HSA238420" 是 PDGF A chain gene exon1~4 的序列，在結果中很清楚的看到exon 4 對應在A chain 的第7758 至8005位置上，由於是local alignment，因此不match的序列就不列出來了，這也正是local alignment和global alignment最大的不同之處。